Das Museum für Naturkunde wurde zum 1. Januar 2009 aus der Humboldt-Universität zu Berlin, zu der es bisher gehörte, ausgegliedert. Es bildet nun die Stiftung des Öffentlichen Rechts „Museum für Naturkunde – Leibniz-Institut für Evolutions- und Biodiversitätsforschung an der Humboldt-Universität zu Berlin“. Seit 1. Januar 2009 ist das Museum auch Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft. Es wird von einem hauptamtlichen Generaldirektor geleitet und gliedert sich in drei Abteilungen:
-Abteilung für Sammlungen
-Abteilung für Forschung
-Abteilung für Ausstellungen und Öffentliche Bildung
Mineraliensaal in der öffentliche Ausstellung
In dem weitgehend original erhaltenen Mineraliensaal aus dem Jahre 1889 erwartet die Besucher ein Einblick in die enorme Vielfalt der Mineralarten der Erde. Der Hauptteil der Mineralogischen Ausstellung stellt fast ein Drittel der über 3.800 bekannten Mineralarten in unterschiedlicher Ausbildung. Der Gesamtbestand der Mineraliensammlung umfasst (2005) ca. 250.000 Proben, etwa 4.500 Proben davon sind im Mineraliensaal des öffentlichen Museum ausgestellt. Die Sammlung befindet sich im 1. Obergeschoss des Museums für Naturkunde über der Ausstellung in einem fast 500 m2 großen Raum in fest eingebauten Schränken mit Schubladen und in Glasaufsätzen.
Mit dem Einzug in das Museumsgebäude 1889/90 wurden die Mineralien systematisch angeordnet, d.h. die Reihenfolge der Mineralarten in Sammlung und Ausstellung entspricht etwa dem kristallchemischen Mineralsystem von STRUNZ. Innerhalb der einzelnen Minerale erfolgt die Anordnung regional von ehemals preußischen über deutsche, europäische bis zu überseeischen Fundorten. Neben der systematischen Hauptsammlung gibt es noch eine Spezialsammlung von Edelsteinen und eine systematische Lehrsammlung. Die Datenbank enthält bereits alle selteneren Minerale, die gesamte öffentlich zugängliche Schausammlung, die Edelsteinsammlung und die systematische Lehrsammlung.
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